一、现阶段税收优惠政策存在的问题
1994年税制改革以来为高科技企业制定了不少税收优惠政策，但很多政策已经不适应我国产业结构调整和经济发展的需要，存在较多的问题，归纳起来主要包括以下几个方面：
（一）税收优惠方式上的不足。
我国在对高科技企业实行的税收优惠方式主要采取的是直接优惠的方式，即减免税。以免税期为例，在免税期内的企业税率为零，而在免税期结束后税率是正的。免税期对资本使用成本有着三种影响，一种正的影响，两种负的影响。在免税期内，零税率对投资的影响是正的。然而，折旧扣除现值的减少和随着趋近免税期末这些折旧扣除的价值提高、会抑制当前的投资。免税期对投资的总体影响取决于资本消费后扣除和税收损失可以结转到免税期以后时期的程度。在不允许向以后年度结转的情况下，倘若某企业处于亏损状态，那么在初建时期被课税可能会得益。倘若可以向以后年度结转，这种情况下的实际补贴可能过于慷慨。免税期为投资者把应税所得转移到享受免税期待遇的活动上从而为获取税收营利提供了机会。免税或是以牺牲长期投资为代价而鼓励短期投资。况且由于税收本身的扭曲效应，这种直接优惠还将严重影响企业间的公平竞争，干扰正常的市场活动。
（二）现行税制设计上的不足。
1．增值税设计上的不足。
增值税的类型包括生产型、收入型、消费型。我国在经济发展初期选择了“生产型”增值税，以保证较稳定的财政收入。但这种类型的增值税在进项税额的抵扣上不允许扣除固定资产所负担的税款。而高科技企业由于资本有机构成较高，“生产型’赠值税实质上增加了高科技企业和高科技产品的税负，直接影响对高新技术的投资。此外，“生产型”增值税导致对购入固定资产重复征税，造成出口产品价格包含某些税收成分在内，不能实现充分退税，直接影响高新技术产品出口。处置固定资产所含税款不能抵扣，也影响企业技术改造的积极性。
另外，从高科技企业来看，科技产品成本结构中物耗减少，直接材料成本所占比例不断降低，购入专利权、非专利权等无形资产和研究开发费、技术转让费、科技咨询费、宣传广告费等间接费用，占产品成本的比例大，但都不准抵扣，导致进项税额少，税负重。从理论上讲，增值税属于流转税，最终将转嫁给消费者，不由企业本身负担。但在实际操作中，受资金回流、价格等因素影响，高税负难以全部转民直接影响高新技术企业的利润，挫伤了企业对技术投入和研究开发新产品俏积极性。
在增值税的确认原则上，实行的是在销售时确认销售收入。由于高科技产品自身的特性不同于一般产品，存在发出货物的安装、调试、维护、升级甚至退货改进等诸多环节，时间经历较长、情况复杂。所以高科技产品发出后，销售并未最终实现，企业没有收到货款。这样企业不仅要垫付研制生产科技产品的成本，而且还要提前垫付税款，挤占企业本身就不足的资金，使企业无力投入更多的资金从事科研开发。
2．所得税上的优惠。
由于高科技企业投资是一种风险投资，投资者赢利与否的不确定性极强。我国现行的所得税法在鼓励投资者的投资动机上还有所不足，更多的优惠政策倾向于高科技企业，对投资者的优惠很少；同时在对高科技企业的优惠上，主要是对单位（如高科技企业、科研院所）、科研成果，而不是针对具体的科技研究开发活动及其项目。如上文所说，高科技企业的发展有五个阶段，在种子期和创业期对具体科技产品可能只有初步设想，很难有成品拿出，这时的企业是急需政策上的援助，但优惠政策只是对已形成科技实力的高科技企业以及享有科研成果的技术性收入实行优惠，而对技术落后。急需进行技术革新的企业以及正在进行科技开发的活动缺少鼓励措施，同时促使企业只关心技术成果的应用，而不注意对科研开发的投入。而且一旦被确认为高科技企业，其非科技收益也会享受税收优惠待遇，这样就造成了优惠的泛滥。相反地某些企业的有利于科技进步的项目或行为却因为未被确认为高科技企业而难以享受到优惠，造成政策缺位，最终降低了税收优惠政策的效率。
在对研究开发人员的收入征税问题上，没有体现税收的“纵向公平”原则。由于高科技企业的技术人员是具有较高生产力的代表，在计税工资的起征点上实行无差别待遇，尤其是当前工资的结构和内容都发生很大变化的情况下，特别是私营、股份制企业的工资包括了住房、医疗、保险、交通等方面的内容，工资收入较高，还适用800元／月的个人所得税起征点显失公平。
对高科技产业开发区内的企业实行优惠，而对开发区外的企业，即使其属于高新技术企业，也很难得到优惠，造成高新技术企业纷纷挤往开发区，甚至在开发区内仅注册。这样即违背了税收优惠原则，也不利于公平竞争。税收优惠政策还内外有别，其主要体现在外资企业所得税中，以利于引进外资，引进国外先进技术，对内资的优惠上实行差别待遇，不利于鼓励内资企业发展科技产业以及科技产品出口。
（三）税收征管上他不足
高科技企业由于自身的特点，其办公自动化水平很高，且从业人员具有较高的素质，有意偷逃税的现象较少，用管理一般企业的思想和方法来管理高科技企业，必然阻碍其发展。在纳税人的认定标准上，由于一般高科技企业产品开发周期长，在其试制或小批量生产阶段就达不到一般纳税人标准。无法取得和使用专用发票不能直接与一般纳税人企业交易、严重阻碍了中、小型高科技企业的发展。同时，在电子化征税已成为新方向时，由于税务局的计算机网络尚未与纳税人的计算机接通，纳税人仍需上门申报。增加了纳税成本，且纳税的电子审计还是空白，纳税人不得不保持人工和电子两本账，加大稽查成本。
二、税收政策的取向
如上文所说，现阶段我国税收优惠政策存在很多问题，进一步完善我国的税收优惠政策是当务之急。2000年为促进高新技术产业发展，我国相继出台了一定的政策法规，如3月31日颁布的《关于数控机床产品增值税先征后返问题的通知》，6月24日颁布的《关于印发鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知人以及9月22日颁发的《关于鼓励软件产品和集成电路产业发展有关税收政策问题的通知》等等。在一定方面、一定程度上解决了目前对高新技术产业税收政策上的问题，但还没有根本上解决问题。为此，本文通过借鉴韩国政府在发展高新技术产业上的措施以及我国的实际情况，提出以下几点建议：
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